Aggiornamenti..e sparizioni!

Salve Ragazzi,

ho ormai appurato a mie spese che nel momento in cui si procede all'aggiornamento del database di alcune cartelle viene eliminato il contenuto.

La domanda è semplice.

Quali cartelle vengono risparmiate?
Dove posso aggiungere i miei vari css o js aggiuntivi che magari non vorrei mettere sotto la cartella del tema?

Grazie per l'eventuale risposta!