Reset continuo del file .htaccess

Ciao a tutti...
Premettendo che non sono un esperto di Drupal, mi trovo davanti a un problema per me assurdo.
Ho installato Drupal 7.26 su un server linux Aruba.
Ho commentato le seguenti righe nel file .htaccess della root
#Options None
#Options +FollowSymLinks

E fin qui tutto bene... ho terminato l'installazione, ho cominciato a inserire i contenuti ecc. ecc.
Ho constatato che i file contenuti nella directory /sites/default/files (es. immagini, pdf ecc.) non erano accessibili a causa delle direttive del file /sites/default/files/.htaccess, che riporto di seguito:

# Turn off all options we don't need.
Options None
#Options +FollowSymLinks
# Set the catch-all handler to prevent scripts from being executed.
SetHandler Drupal_Security_Do_Not_Remove_See_SA_2006_006

# Override the handler again if we're run later in the evaluation list.
SetHandler Drupal_Security_Do_Not_Remove_See_SA_2013_003

# If we know how to do it safely, disable the PHP engine entirely.

php_flag engine off

In sostanza, ogni volta che tento di accedere a uno di questi file ottengo l'errore
Forbidden
You don't have permission to access /sites/default/files/nomefile.ext on this server.

Se commento il contenuto o elimino/rinomino /sites/default/files/.htaccess il problema sparisce... il fatto è che a intervalli di tempo apparentemente casuali .htaccess viene automaticamente ripristinato e mi ritrovo lo stesso problema!
Che succede? Forse qualche cronjob di Drupal o di Aruba che ripristina i contenuti? Ma non ne capisco il senso...
La cosa mi sembra davvero assurda e non so proprio dove controllare...